Первые упоминания о таможне на побережье Мурмана относятся к 1582 году, но современная таможня ведёт отсчёт своей деятельности с 11 декабря 1919 года, когда в Мурманске заработал постоянный таможенный орган новой советской власти.
В наши дни Мурманская таможня входит в тройку лидеров Северо-Запада по результативности работы. Так, в 2018 году таможенники заработали почти 5 миллиардов рублей, возбудили 1306 административных и более 20 уголовных дел, наладили стопроцентную подачу и оформление деклараций в электронном виде, а так же авторегистрацию и автовыпуск деклараций.