10 июня 1934года в городе Хибиногорске на базе Хибинской горной станции была создана Кольская база Академии наук СССР. В 1936 году ей было присвоено имя советского партийного и хозяйственного деятеля, руководителя освоения Кольского полуострова С. М. Кирова.
В 1949 году Кольская база была преобразована в Кольский филиал АН СССР. В 1988 году - в Кольский научный центр АН СССР. Его сотрудники занимались научным обоснованием освоения природных богатств Кольского полуострова в целом и находящихся по соседству Хибинских гор, в частности. В этот же период местом постоянного расположения КНЦ стал город Апатиты.
В 1992 года при образовании Российской академии наук Кольский научный центр вошел в ее состав на правах регионального научного центра. В 2017 году Кольский научный центр РАН получил юридический статус Федерального исследовательского центра.
